APE100もKSR110も諸費用が高過ぎる・・と思う

基本的には、APEもKSRも原付（50cc）と変わりません。
エンジン本体以外は全て同じ車体構造だと思いますが・・・。
50ccの中古車の価格と原付2種（50cc以上）の価格ってだいぶ違ってきます。

大きさが同じであれば、排気量の大きい方がエンジンに余裕がある。
いわゆる走りが良いという事になります。

その分の違いが、価格の違いなのか？と思ってはいるのですが、納得していません。

問題なのは、本体価格（例えで15万とします。）で諸費用2万円+整備費3万円で合計5万円とする見積りがあったとします。

この諸費用は、ナンバー取得に関わる費用と自賠責保険の費用です。
自賠責保険が年間1万円とすると、ナンバー取得費が1万円程度となります。
原付2種のバイクで諸費用が5万円とは高くないかい。

問題は整備費です。

どこの何を整備するのか？どこの何の部品を交換するのか？消耗品はどこまで交換するのか？
色々と営業担当に話を伺いながら、丁寧に聞いておく必要があります。

実際に、オイル交換、プラグ交換、エアフィルター交換までが基本整備費用内。
その他が必要な場合には、プラス実費がかかるという事になります。
タイヤが2部山とかであれば逆に工賃内で作業してくれるので安価に交換することも出来るので、これは店舗の営業の人と相談すべきかと。

逆に「自分でメンテするから、整備しなくてもいいよ。」
という場合に「現状渡し」という形で要望に応えてくれる業者もありますが、大きな店舗や店に依っては、整備費は絶対外せないというところもあります。「現状渡し」の場合には、何かあっても保障無しという事が前提になります。整備費が外せない店舗は、1000ｷﾛまで保障するとかある場合があります。

中古バイクの店で、全て「現状渡し」みたいな店がありますが、これは注意が必要なようです。
エンジンがかからない、調子が悪い、錆がひどいなど、普通に人がメンテナンス、整備をするにはどうかという中古車です。まぁ不動車としてみなした方が良いと思います。
部品取りという扱いならばよろしいかと思いますが・・・。

どちらが良いか？それは個人個人違うと思います。
私のような人間だと、「余計な事しなくていいから、安くして！」と言う。
ピンポイントで悪い箇所、部品を交換して欲しいと依頼した方が良い。
それは、部品交換に対する工賃がはっきりするからです。

ところが、「整備なし」という事が出来ない店が多い。
なぜなら、整備費にも利益を上乗せしてあるからだ。
そうなると、本体の車の代金の利益と整備費の利益、そして手数料の利益の3点が取られる事になる。
基本的な整備は本体の車体代金に含まれているのが普通かと思うがいかがなものか。

やってもやらなくてもいいような整備は必要なのか？

曖昧な整備というのは、ちょっと見ただけで整備なのか？
オイルなんて交換してもしなくても素人には分からない事もある。
その車（バイク）の整備を一日中見ている訳ではないので、そこは店を信用するしかないだろう。

通信販売で実車を見ないで買う人もいるが、やはり一度は実車を確認して、エンジン音、排気の状況（煙が出るかどうか）錆、傷の状況、色落ち、タイヤ溝の残り、ライト、ウインカーの点灯、点滅の確認をすべきであろう。