現在でもCore2duo使っている人は多いと思います。
実際、私もE8400やE6600、未使用のE4600があります。
E8400は息子のwindows-7で+SSD128GBで動作しています。
E6600はScientific-Linux6.4で動いています。
古いマザーボードだと、E4600までとかE6700までとかCPUを交換出来ないLGA775のボードがありますが、現在使用しているMBのCPU対応表をマザーボードメーカーのHPで確認すると分かります。その時にはマザーボードの正式な型番が必要なので起動させるときにしっかり目に焼き付けて下さい。（BIOS見れば充分ですが）
Core2duoしか対応していないボードでは仕方ありませんが、Quadコア対応のボードであれば、QコアCPUに交換をするべきです。実際に動かした時にあまり変化が無くても、CPUの使用率を見ると一目瞭然で処理中でも直ぐに下がります。
windows-7で使用している人が多いと思いますが、これはCentOSやubuntuなども同じ事で、2コアと4コアであれば処理能力が全然違います。価格もCore2quadで上位だったQ9650やQ9550、Q9450なども9000円から15000円前後の中古価格帯です。Q6600（2.4Ghz）であれば5000円～6000円という中古価格で手に入ります。息子の使用しているwindows-7（E8400)と私の使用しているWindows-7（Q9450)を比較すると、本当にCPUの使用率が違います、同じようにブラウザを使いyoutubeの動画を見てもはっきり違いが分かります。同じような電力消費ならば、これから5年前後使用するであろうwindows-7にはQコアを付けても損ではありません。
注意して欲しいのは、Q6600はCPUとして中古市場に沢山出回っていますが、クロックアップされて痛んでいる固体も多い筈なので、実際ショップで何種類か見た上で確認をして欲しいと思います。見たからと言ってもCPUの内部が見れる訳ではありませんが、箱付きなのか、CPU単体のバルクなのか付いている付属品などで判断すべきでしょう。
時々、中古のマザーボードを見ますが、Qコアに対応しているマザーボードは現在でも結構な金額（高いものだと10000円以上）で売られています。慣れている人ならば、説明書、ドライバー等付属品が無い半ジャンク品も狙い目です。SATAのケーブルが付いてなくても全然OKですしね。
この休みに中古ショップ周りされてはいかがでしょうか。
私もメモリが余っている（DDR2）ので、LGA775のマザーボードを探しに行くつもりです。予算的にはQ6600+MBで10000円ですかね。これでCentOS6.5のdesktopを動かしたいと考えています。