SSHからコマンドで引いた現在、設定修復後２日目の鯖状況です。
# top
top – 22:03:34 up 2 days, 2:16, 1 user, load average: 0.47, 0.43, 0.33
Tasks: 187 total, 1 running, 184 sleeping, 2 stopped, 0 zombie
Cpu(s): 0.8%us, 3.3%sy, 0.0%ni, 95.9%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0.0%si, 0.0%st
Mem: 4009496k total, 3237980k used, 771516k free, 11192k buffers
Swap: 4128760k total, 0k used, 4128760k free, 2688440k cached
—————————————————————————————————
# free
total used free shared buffers cached
Mem: 4009496 3255068 754428 0 13644 2690996
-/+ buffers/cache: 550428 3459068
Swap: 4128760 0 4128760
—————————————————————————————————
# df
Filesystem 1K-ブロック 使用 使用可 使用% マウント位置
/dev/mapper/VolGroup-lv_root
51606140 3679872 4530482 8 8% /
tmpfs 2004748 0 2004748 0% dev/shm
/dev/sda1 495844 90840 379404 20% /boot
/dev/mapper/VolGroup-lv_home
424544656 225728 40275328 4 1% /home
とりあえずlogも無駄なエラー表示は消え軽くなりました。
やはり何かエラーがあるとlogに書き込んだりするためにCPUパワーを使用している関係で動作が重くなるようです。logも無駄に肥大していて読むのも大変な状況でした。調子が良いと1日でも大した量はありませんが、今回は2,3日で1週間分以上のディスク領域を使ったのでは？と思います。
動作が重い ⇒ 何かエラーが発生している！！
と考えた方がよろしいようです。